马英九周二在接见美国一家大学访问团时公开表示，2年前与中国大陆签医药合作的协议，最近发生H7N9流感，「我们也开始合作，希望能够透过这个合作，制造相关的疫苗，来遏止这种流感的蔓延」。
不过，数小时后，台湾的卫生署副署长林奏延公开唱反调，说政府已组成H7N9疫苗工作小组，将不会与中国大陆合作研发疫苗。
林奏延解释说，台湾自中国大陆取得H7N9禽流感病毒株后，须经过8至11周的加工处理，才能制成疫苗株，以便制作疫苗;如果台湾直接从美国或世界卫生组织取得疫苗株，可节省加工处理时间，会比从中国大陆取病毒株更快制作疫苗。
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